Nacque a Peralta del Sal in Aragona, nel 1557. Dopo un articolato percorso di formazione studiosa (retorica, filosofia, teologia, diritto) divenne sacerdote. Esercitò inizialmente il suo ministero in Spagna. Nel 1592 per incarichi ricevuti dal suo vescovo si trasferì a Roma dove, facendo esperienza dell’ignoranza e malcostume dilaganti, si dedicò a educare i ragazzi dei quartieri poveri. Nell’autunno 1597 iniziò a costituire in Trastevere, presso la chiesa di S. Dorotea, il primo esempio di scuola popolare (le “Scuole Pie”), istituzione gratuita per la formazione umana, professionale e cristiana dei giovani poveri, che rapidamente si diffuse in tutta Italia e poi in Europa. Attorno a questa opera si costituirono l’Ordine religioso degli Scolopi e sei istituti di suore.
La fioritura e il diffondersi benefico dell’opera degli Scolopi furono ostacolati dall’infida opposizione di collaboratori del santo, che lo accusarono presso il Sant’Uffizio. Egli fu spogliato della sua autorità e vide l’Ordine declassato a semplice Congregazione senza voti.
Morì nella casa di S. Pantaleo a Roma, il 25 agosto 1648, novantenne, continuando a ripetere, di fronte all’apparente fallimento della sua opera a favore dei piccoli e dei poveri: “L’Ordine risorgerà”. E infatti, quando Giuseppe sarà canonizzato, nel 1767, l’Ordine era già risorto, come lui aveva previsto.