Dopo ampi lavori, è nuovamente accessibile la chiesa sotterranea legata alle memorie di Gerusalemme e della Terra Santa. Riedificata dopo la prima Crociata, fu studiata da Leonardo da Vinci: san Carlo ne fece un luogo di preghiera sul Mistero della Passione di Cristo, mentre il cugino Federico Borromeo vi costruì attorno la Biblioteca Ambrosiana.